波纹唇鱼种质资源的分子遗传多样性研究

本项目以我国南海海域珍稀名贵濒危海洋动物- - 波纹唇鱼为研究对象，运用微卫星标记和线粒体全序列两种分子检测技术研究这一濒危鱼类的遗传多样性，分别在基因组DNA和线粒体DNA层次上探讨其遗传变异水平，不仅能为进一步研究波纹唇鱼不同地理群体之间的遗传分化奠定基础，还将为开展对这一珍稀鱼类的遗传多样性监测、人工繁殖及物种保护工作等提供科学依据，具有重要的理论意义和应用价值。

本项目以波纹唇鱼为研究对象，通过对波纹唇鱼的线粒体基因组全序列分析、波纹唇鱼微卫星分子标记的开发及适用性分析、基于线粒体DNA序列和微卫星标记分析不同地理群体的波纹唇鱼遗传多样性进行研究。取得的主要成果有：.1．通过23对引物进行PCR扩增并测序，首次获得波纹唇鱼全长16602bp的线粒体基因组全序列。波纹唇鱼线粒体基因组结构组成与其他脊椎动物的结果较为一致，由13个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因与非编码区组成。波纹唇鱼线粒体基因组的大部分区段与GenBank中现有的序列有较高的同源性，12SrRNA和ND4基因构建的进化树与形态学分类的阶元关系比较吻合。本文得到的波纹唇鱼线粒体基因组全序列是唇鱼属的第一个线粒体全序列。.2、采用磁珠富集法及利用生物素标记的（CA）15寡核苷酸探针从波纹唇鱼基因组DNA Bsp143Ⅰ酶切位点的400—1000bp 片段中筛选CA/GT微卫星位点。洗脱的杂交片段克隆到PMD18-T载体上构建富集微卫星基因组文库后，通过PCR筛选出阳性克隆进行测序。在120条序列中有88条序列包含有重复次数不少于5次的微卫星位点，阳性序列比例达到73.33%。其中完美型（perfect）类型微卫星最多的重复次数为26次。在88条非冗长序列中，共有28条（31.82%）微卫星重复序列两端有侧翼序列能够进行引物设计。用波纹唇鱼3个个体的混合基因进行引物筛选，其中的24对具有清晰的扩增条带。筛选出20个微卫星位点适于波纹唇鱼群体遗传结构的研究分析。.3、基于4个线粒体基因（D-loop、COI、Cytb以及ND1）和微卫星分子标记联合研究波纹唇鱼群体水平上遗传多样性以及遗传分化，虽然各种分子标记结果存在微小差异，但总体结果表明波纹唇鱼群体间的遗传分化不明显，遗传多样性水平也很低。这些结果为该鱼的遗传多样性监测、人工繁殖及物种保护工作等提供科学依据，具有重要的理论意义和应用价值。