基于基因组序列和结构特征的核小体定位的理论和实验研究

核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位，获取编码在基因组中遗传信息的能力依赖于核小体在DNA上的位置，核小体定位是在表观遗传学水平调控基因表达的重要层次，精确预测核小体在DNA分子上的位置对于在染色体水平理解基因表达调控机制有重要意义。本项目以酵母、线虫、果蝇及人核小体定位实验数据为基础，基于序列依赖的DNA结构特征、DNA序列保守模体及其他形式的定位信息（如AA/TT/TA二核苷酸周期性分布、poly-A片段等），结合多样性增量和支持向量机等机器学习算法发展多信息融合的真核生物核小体定位预测理论方法。以酵母系统为对象，采用分子生物学手段，通过酵母复制起始位点附近的染色质结构与自主复制序列（ARS）活性关系的研究探讨核小体定位及其变化与基因表达水平的关系。

获取编码在基因组中遗传信息的能力依赖于核小体在DNA 上的位置，核小体定位是在表观遗传学水平调控基因表达的重要层次，精确预测核小体在DNA 分子上的位置对于在染色体水平理解基因表达调控机制有重要意义。经过近三年的工作，项目组开展了核小体定位理论预测、利用体外组装技术分析核小体形成能力的主要因素两部分主要工作。在研究计划之外开展了染色质重组机制理论研究，延续上一国家基金问题，开展蛋白质-蛋白质相互作用的预测工作，与他人合作开展嗜酸氧化亚铁硫杆菌基因组的生物信息学研究。依托项目出版学术专著《表观遗传学前沿》1部（清华大学出版社，2012年），发表学术论文40篇，其中SCI收录8篇，EI收录4篇，核心刊物14篇，国际会议4篇，其他论文10篇。培养博士研究生3名，硕士研究生6名，3位年轻教师和3位本科生参与了部分工作。