喀斯特地块空间结构与水动力关系模式研究

针对基三结构的分子设计方法中的两基本问题进行了探索与创新。其一是从头设计新的先慢化合物。其二是评价不同化合物的结合的能力。发展了通过随机动力学模拟，多拷贝分子动力学模拟和分子模块装配进行基于受体结构的分子设计的新方法。用该方法对柔性抑制剂与HIV蛋白酶，环氧化酶结合的计算机对接实验给出令人鼓舞的结果。该方法的特点包括：自然地考虑了分子柔性：采用分子力学模型；利用分子片段组合特性的方法，包括：用单一非特理参考态，单次模拟进行多个分子态的自由能微扰计算；用线性自由能近似和分子动力学模拟近似计算自由能。