利用基因组选择法进行标记辅助导入研究

Marker-assisted introgression main index options mark score and other background choices mark a limited number of the above methods, these methods less efficient, more linkage drag and genetic background of recovery slow and other problems. Genomic selection to use to cover the whole genome marker breeding value estimation, the estimated breeding value of the resultant is called genomic breeding values. In this study, genomic selection method for marker-assisted introgression studies of marker assisted into the optimization of a multiple QTL. Import a QTL in marker-assisted selection methods, mainly for the prospects, background selection, mark the number of trait heritability, such as the combination of different levels of study, in order to get the best implementation of the program. Import multiple QTL in marker-assisted to carry out marker-assisted introgression multiple QTL for mating system and selection methods, the first GWAS analysis, find a QTL affecting economic traits combination, followed by the design of different marker-assisted introgression, compare import efficiency, in order to obtain the best implementation of the program. The use of genome-wide marker-assisted selection to import the study was designed to solve the problem to reduce the linkage drag, speed up the recovery of the genetic background, provide a reference implementation of marker-assisted introgression practice.

目前标记辅助导入主要用指数选择、标记得分等方法进行背景选择，由于以上方法所用标记数量有限，因此这些方法存在效率较低、连锁累赘较多、遗传背景恢复慢等问题。而基因组选择使用覆盖全基因组的标记进行育种值估计，由此得到的估计育种值称为基因组育种值。本研究利用基因组选择方法进行标记辅助导入研究，主要探讨标记辅助导入1个和多个QTL的优化方案。在标记辅助导入1个QTL中，主要针对前景选择方法、背景选择方法、标记数目、性状遗传力等进行不同水平的组合研究，从而获得最佳实施方案。在标记辅助导入多个QTL中，开展标记辅助导入多个QTL的最佳交配体制及选择方法的研究，首先进行GWAS分析，找到影响经济性状的QTL组合，其次设计不同的标记辅助导入方案，比较其导入效率，从而获得最佳实施方案。利用全基因组选择进行标记辅助导入研究旨在解决减少连锁累赘、加快遗传背景的恢复等问题，为在实践中实施标记辅助导入提供参考依据。

由于传统的选择方法所用标记数量有限，因此这些方法存在效率较低、连锁累赘较多、遗传背景恢复慢等问题。而基因组选择使用覆盖全基因组的标记进行育种值估计，由此得到的估计育种值称为基因组育种值。本研究利用基因组选择方法进行标记辅助导入研究，探讨标记辅助导入的最佳实施方案，为在实践中实施标记辅助导入提供参考依据。本研究通过对于不同的前景选择方法，不同的背景选择方法，不同的群体规模、不同的性状遗传力，不同目标QTL的初始频率，不同的标记数等多个因素对标记辅助导入一个QTL的导入效果影响。此外，还研究了标记辅助导入多个QTL时，两种实验设计对标记辅助导入效率的影响。.研究结果表明：在标记辅助导入一个QTL研究中，发现在3种前景选择方法中，全基因组选择效果要优于其他选择方法，横交第2世代时，全基因组选择方法的导入QTL频率已经达到了1.000。在供体群中QTL的初始频率对于导入QTL频率影响比较大，随着供体群中QTL的初始频率的增大，导入QTL频率也会增大。随着标记数量和群体规模的增大，导入QTL频率略微增大。不同性状遗传力和不同背景选择方法对导入QTL频率的影响比较小。在4种背景选择方法中（全基因组选择、标记得分选择、MBLUP选择、指数选择），在回交第3世代时，利用全基因组选择时其背景恢复为0.9992，要优于其他背景选择方法。供体中QTL初始频率对背景恢复的影响较为明显，随着供体中QTL初始频率的增大，背景的恢复也呈现增大趋势。全基因组选择获得背景性状的遗产进展始终是高于其他背景选择方法。随着标记数目的增加其背景性状遗传进展呈现微小的增加趋势。不同的群体规模对背景性状遗传进展的影响相对比较小些。.对于导入多个QTL时，试验设计2略优于试验设计1，两者导入QTL的频率较接近。.以上研究结果还表明，全基因组选择作为前景选择方法可以使得导入QTL频率增加，全基因组选择作为背景选择方法可以加快遗传背景的恢复，因此可以说全基因组选择解决传统选择方法的弊端。以上研究结果为标记辅助导入在实践中的具体应用提供一定的参考