建立基于混合人群的基因相互作用研究策略：新疆典型混合人群的全基因组研究

基因变异和性状变异是基因相互作用研究的数据基础。普通人群由于历史原因和长期适应特定环境，很多性状变异和基因变异在群体内固定或丢失，导致基因互作研究所需的变异信息量极大降低或缺失。而同时研究不同人群来源的样本虽可增加变异信息量却又难以避免样本所处不一致环境因素的干扰。由人群融合产生的混合人群不但性状变异和基因变异都显著高于普通人群，而且所处环境影响因素一致，因而成为基因互作研究的天然素材和优良载体。本项目拟采用全基因组基因分型和表达谱微阵列技术，基于基因变异和表达数量性状，充分利用混合人群的独特优势，发展针对性的研究方法并搭建计算生物学分析平台，系统地开展以新疆典型混合人群为模型的基因相互作用研究。本项目利用特殊遗传资源从新的角度建立基因相互作用的研究体系，有助于"基因型-表型"研究框架的进一步建设和发展，为最终阐明复杂性状的遗传学基础和调控网络提供数据资源、研究方法、分析平台和参考性案例。

本项目的实施，完成了以下方面的的工作并取得了相应的进展和结果：（1）在两个新疆典型混合人群（维吾尔族和哈萨克族）中产生了全基因组基因分型数据；并通过数据分析在群体、个体、染色体水平揭示出其全基因组精细遗传结构特征；（2）在维吾尔族和哈萨克族人群样本中产生全基因组基因表达数据；揭示出两个人群的全基因组表达谱特征；（3）开发了研究人群遗传混合的MALDmef，CAMer，AdmixInfer v1.0.4，AdmixSim v1.0.2等4个软件工具，检测人群特异性拷贝数变异的工具WinXPCNVer，以及进行重组分析的SC和SC-sample等共7个计算机软件工具；（4）项目执行期间，共发表论文33篇（均已标注本项目基金号：31171218），其中26篇论文以项目负责人为通讯作者。其中4篇通讯作者论文（第一署名单位）发表在SCI收录的5-year影响因子大于10的学术期刊，分别发表在美国科学院院刊PNAS（1篇），美国人类遗传学杂志Am.J.Hum.Genet.（2篇），和基因组研究Genome Research（1篇）。一篇论文（Hum.Mol.Genet.通讯作者）入选著名生物和医学论文数据库——Faculty of 1000，并被推荐为“优秀论文”；另一篇论文（J Med Genet，通讯作者）被期刊编辑选为“亮点论文”。